方舟的船员们，竭力将大陆打造成神之国，人们将他们奉为尊贵的神祗。无上的神明不止一个，方舟的13名幸存的船员成为共同君临大陆的13位神。船员们考虑到他们作为神，创造的神迹似乎还不够，于是将地球上的华夏正神之名照搬了过来，对应五方天帝和各自的属神，以及女娲、共工和帝俊。
神明为了更快的开启方舟的修复，在大陆上以各自的神庙作为据点，在凡间则构建了13个神国，各自供奉对应的神明。神国内，表面上宫廷里的国王统治国民，但事实上，大陆机要无出神庙，国王也只算是神明手中的提线木偶。诸神分列不同方位，东方天地太昊伏羲，属神句芒；南方天地炎帝神农，属神祝融；西方天帝少昊金天，属神蓐收；北方天帝颛顼高阳，属神禺强。五方天帝和其属神统领五方天地的十个神国。女娲、共工和帝俊则不在神国中，他们自愿驻守在方舟的坠毁地，一同拱卫方舟。
神纪元之初，诸神都牢记着肩上的使命，13位神明并没忘记自己是方舟的船员，所做的一切都是为了方舟的复苏。但是好景不长，神明之中出现了第一个叛道者。帝俊曾是方舟上的一名科学家，也是如今守护方舟的一员。当初帝俊就并不支持船长的冒险，后来的他虽是与其他二人一同拱卫方舟，却是因为嫌弃治理神国太麻烦而来这里偷懒。如今，帝俊在大陆上满打满算已经待了五十年，这对本就年高的他不算是个好消息。即使是经历过基因改造，宇宙时代的人类，寿命也只有数百年。看似很久，但在漫长的宇宙航行中，帝俊的生命已经走过了过半路程，如今又是五十年过去，他的寿命已经快要告急了。对帝俊来说，被困在这块大陆的，虽说心糟，但是能享受到身为神灵的至高享受，倒也让他尚且满意。没有方舟的他们不可能突破大陆的束缚，但修复的进度却不容乐观，甚至帝俊老死方舟都难以启航。既然注定无法离开，倒不如作为神一直享受下去，沮丧的帝俊这般想。但所剩无几的时间让帝俊心焦了，他不想这么快就死，他还想做一个“神”。帝俊知道方舟上还有完整的基因组合改造技术，他寄希望于在这片神奇的大陆上，“魔道”能让基因技术更好的发挥，给他更久甚至永久的生命。
轻易地骗过了与他一道看守方舟的女娲和共工，帝俊成功从方舟中盗走了基因组，借由这数十年来诸神对魔道的研究，他试图用魔道激发更强大的基因潜力。可惜的是，帝俊还来不及成功实验，方舟失窃便被女娲发现了。潜藏起来的帝俊并没能逃过诸神的联合缉拿，愤怒的他们将这个叛道者处以极刑，并剥夺了他的神格。帝俊的研究也被诸神发现了，看着眼前这个能够延长他们寿命的装置，诸神都沉默不语。眼下修复方舟依旧遥遥无期，他们虽说不似帝俊那般急迫地需要续命，但上苍留给他们的时间也已不多了。最终，诸神一致赞同用这个装置为他们续命。可怜的帝俊，苦心的研究却是为他人做了嫁衣。
续命后的诸神，又一次拥有数百年的悠悠岁月。冷静下来的诸神们，为了不再有帝俊这般监守自盗的现象，决定将方舟核心器件分拆，由诸神各自监管一部分，但每个器件发挥作用都需要一把钥匙，由其他的神保管。这样一来，几乎断绝了单个神试图单独利用方舟的念头。
众神在各自的神国分别保管分配的元件，他们虽然没有钥匙不能完全发动这些部件的威力，但若利用魔道和机关术尚能实现简单的运用。这些简单的运用到了大陆人眼中，便已经成为神迹，这十二处方舟部件在曾日后发挥出更强的威力，便是威名远播的“十二奇迹。”
这十二处奇迹在日后或大展身手或踪迹全无，但无疑都是能撼动大陆的利器。
“元气炮”乃灭世之剑，是方舟的主炮，由水神共工职掌；
“日之塔”照耀北境，是方舟的可控核聚变装置，由火神祝融职掌；
“火焰山”，喷发的火焰经久不息，实则方舟的推进器，由属神句芒职掌；
“地咚”，大陆之上传言无底的深坑，不时传来雷鸣之音，乃属神禺强职掌的方舟引擎；
“岁月神殿”，传闻中此神殿经历无数岁月，坚不可摧，即使是日后的大陆巅峰强者都不能损他一毫，实则属神蓐收职掌的方舟船体。
“天枢”，后世唯一熟练运用的奇迹，可观天象测天机，乃属神后土职掌的方舟寻星镜。
“孳生河”相传可生万灵之镜像，乃上古时女娲职掌的克隆装置
“方舟”，此方舟并非是坠毁的彼方舟，而是装栽其核心能源的复制品，由东方天帝太昊伏羲职掌；
“转生”并非实体的奇迹，在后世由大河之畔的阴阳家掌握，但上古时归于南方天帝炎帝神农职掌的基因组；
“象牙塔”被誉为“知识的根源”，搭载了沉睡的主脑盖亚和其数据库，由中央天帝黄帝轩辕职掌；
“焚金炉”可熔炼世间奇金，乃方舟反应炉，与聚变装置和核心能源一起才能完整，由西方天帝少昊金天职掌；
“时空门”相传踏入此门可通往异世界，但从未有人进去后能回来，