个宇宙朝着美好的方向前进。
但美好总不会维持太久，公元3089年，大仙女座星云报告了第一例虫洞隧道崩坏事件，繁忙的星际航道上的恒星突然坍缩为黑洞，吞噬了航道上的一切，造成了诸多伤亡。之后帝国政厅将其命名为“星变”，这次事件也被定性为一次意外。但以后的几百年，越来越多的类似事件发生，频繁“星变”使得星际航行变得不再安全，帝国发出停止使用人造虫洞的命令。但人造虫洞是宇宙时代的根基技术，命令发布后，脱离了虫洞的联结，宇宙陷入了隔绝与分裂的状态，文明从宇宙层级退缩到星系乃至行星层级。但即使这样，也未能阻止危机的进一步爆发，“星变”依旧不断发生，无数行星星系被毁灭。在停用人造虫洞后，人类重新研究了莱因哈特.孟德尔的研究记录，从他的遗稿中发现了孟德尔对虫洞理论隐藏的担忧。孟德尔曾经猜测，人造虫洞可能会破坏宇宙的维度平衡。宇宙好比一块大黄油，其内亦存在天然的洞孔，若在黄油上用针戳一个洞，洞可以慢慢修复，但过多的洞就会让修复越发不可能，最终的结局就是宇宙这块大黄油陷入维度的崩塌，宇宙归于湮灭。不久后的天马座星云湮灭事件，则是印证了孟德尔的猜测。
孟德尔在遗稿中虽未能给出对策，但他的另一项记录却引起了科学家的注意。孟德尔指出，虫洞不仅可以运用在空间跳跃，也可以实现时空穿梭，孟德尔当年出于部分考虑并没有公布时空穿梭这一部分，但在遗稿中给出了具体的操作方法。尽管没人能映证方法是否可行，但部分激进派科学家却认为这是最后的一根救命稻草。即使无法确定时空的穿越是会改变过去又或者是会前往另一个平行宇宙的过去，他们依旧坚持进行最后的努力。
公元4162年，银河已经沦为了一片不稳定的乱流，幸存的人类退缩到曾经的起源之地—--母星地球。帝国最后的政令“星火”计划在这里紧密地进行，旨在保存人类文明的火种。在将人类各行各业的最优秀分子和各类动植物都投入休眠舱后，倾尽帝国之力打造的“方舟三号”诺亚，搭载着全套的生物基因组，作为人类的最后希望，在无数人的视线中，没入虫洞的无边黑暗。紧随飞船消失的身影，人类最后的圣地，母星地球消亡在太阳湮灭的冲击波下下，星爆的光芒缺透出短暂缺瑰丽的光芒，随后便又陷入无尽的黑暗中，仿佛一切都未曾存在过，整个宇宙成为了混沌，期待着盘古的再一次创世。