钟厝之战最终以明清两军解除接触，清军退出战场，撤往兴化府休整以宣告结束。从双方的宣传上看，这无疑是一场“双赢”的战役，双方均取得了辉煌的战果。至于事实如何，单看清军丢下大批绿营仓皇退兵，以及明军没有进一步的向兴化府方向进军就能够看出来，其结果无非是两败俱伤。
金砺那边已经连夜写了请罪的折子，请求清廷立刻补充汉军旗的损失，同时调派浙江、江南的大批精锐绿营南下助剿。这无疑是需要大量时间的，而郑成功那边则显得简单多了，活下来的将士获取了大量的战斗经验，战斗力直线攀升，阵亡的则直接从那二十八营的后备部队里抽调，尽可能快的补充损失。
双方都还需要花费更多的时间来舔舐伤口，而郑成功在战后更是连续下达命令，有关于抚恤的、有关于按照大敌赏格进行战功赏赐的、更有晋升柯宸枢为左提督的升赏。当然，这也同样少不了要向朝廷报功的，因为桂林大捷的消息前不久经广东已经传到了军前。
“让沈中丞带着他的那些救护兵过来。另外，给陈总制回信，就说他的计划，我同意了——照着现在的情况来看，下半年再想有大动作，就得看广东那边的了。”