教规上，规定道士心须出家住道观，不许蓄妻室。为了约束道士言行，制定各项清规戒律，督促道众严格遵守。
这些皆与正一道有很大区别。全真道在金代的发展有限，至蒙元前期，以成吉思汗之召见、宠遇丘处机为契机，在丘处机及其弟子们的推动下，全真道发展至鼎盛。
当时全真道宫观遍布北方各省区，
“虽十室之邑，必有一席之奉”。此鼎盛局面，自丘处机起，历经尹志平、李志常两任掌教，大约三十年。
至元宪宗五年（1255），佛道《化胡经》之争起，元室袒佛，全真道败北。
此后元室下令焚毁除《道德经》之外的一切道经，全真教遭受沉重打击，全真道鼎盛局面因之结束。
故在张志敬、王志坦、祁志诚、张志仙几任掌教中，处境都较困难。又经历约三十年，元成宗即位，驰焚经之禁，全真道获得正常发展。
元世祖至元十三年（1276）平定江南，全国统一。此后，原同源异流而分传于金与南宋的全真道和道教南宗，逐渐认同、融合，至元代中后期，二宗合并的条件渐趋成熟。
在南宗道士陈致虚等人的推动下，二宗经过对祖师宗祀的调整，南宗最后并入全真道。
合并后的全真道遂成为更大的道派，而与正一道分统天下道教。明代皇室对佛、道采取抑制、约束政策，对道教正一派有所崇奉，对全真道支持较少，全真道自此进和衰落时期。
金元时期形成的统一领导核心（以北京白云观为基地）顿然解体。在此情势下，统一的全真道渐次分解成诸多小支派。
主要的有
“七真派”，即宗祖马钰的遇仙派，宗祖谭处端的南无派，宗祖刘处玄的随山派，宗祖丘处机的龙门派，宗祖王处一的嵛山派，宗祖郝大通的华山派，宗祖孙不二的清静派等。
另外，又有一些全真道士分别组成
“五祖派”，即宗祖王玄甫的少阳派，宗祖钟离权的正阳派，宗祖吕洞宾的纯阳派，宗祖刘海蟾的刘祖派，宗祖王囗的重阳派。
如此众多的全真支派出现，并不表示全真道的兴旺发达，恰好反映它的衰落。
它们的形成时间，最早在明代中后期，多数在明后。在明清道教衰落时期，只有龙门派因王常月的阐扬，曾经在清初一度
“中兴”，其余各派，大都衰落不振。
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