（1276）平定江南，全国统一。此后，原同源异流而分传于金与南宋的全真道和道教南宗，逐渐认同、融合，至元代中后期，二宗合并的条件渐趋成熟。在南宗道士陈致虚等人的推动下，二宗经过对祖师宗祀的调整，南宗最后并入全真道。合并后的全真道遂成为更大的道派，而与正一道分统天下道教。明代皇室对佛、道采取抑制、约束政策，对道教正一派有所崇奉，对全真道支持较少，全真道自此进和衰落时期。金元时期形成的统一领导核心（以北京白云观为基地）顿然解体。在此情势下，统一的全真道渐次分解成诸多小支派。主要的有“七真派”，即宗祖马钰的遇仙派，宗祖谭处端的南无派，宗祖刘处玄的随山派，宗祖丘处机的龙门派，宗祖王处一的嵛山派，宗祖郝大通的华山派，宗祖孙不二的清静派等。另外，又有一些全真道士分别组成“五祖派”，即宗祖王玄甫的少阳派，宗祖钟离权的正阳派，宗祖吕洞宾的纯阳派，宗祖刘海蟾的刘祖派，宗祖王囗的重阳派。如此众多的全真支派出现，并不表示全真道的兴旺发达，恰好反映它的衰落。它们的形成时间，最早在明代中后期，多数在明后。在明清道教衰落时期，只有龙门派因王常月的阐扬，曾经在清初一度“中兴”，其余各派，大都衰落不振。
【灵宝派】
道教教派之一。始创于中国东晋末年。晋安帝隆安年间，江东道士葛巢甫（葛洪族孙）造作《灵宝经》30余卷，并附会引申，编造了上起元始天尊，下至葛玄（东吴道士，葛洪从祖）及其后嗣的传经系谱。南朝宋时，道士陆修静搜集整理灵宝诸经，“更加增修，立成仪轨，于是灵宝之教大行于世”。灵宝派以《灵宝经》为主要传习经典，奉元始天尊为最高神，假托葛玄为开派祖师。其修行法术重视诵经存神，与上清派近似，但更为重视斋直功德，劝善度人，有较为完备的宗教活动仪式，因此较之侧重个人修炼的上清派有更多的信徒。该派道士多活动于民间，隋唐时很少有受朝廷征召赐封者，其影响地位不及正一、上清二派。宋元时期，该派以江西清江县阁皂山为本山，号称阁皂宗。元朝曾赐封其46代宗师杨伯为“太玄崇德翊教真人”。元代以后此派逐渐与龙虎山正一派融合。
北宋末年，从灵宝派中分化出一个支派“东华派”。东华派重视斋醮祭炼，灵宝派之斋醮科仪及符箓法术至此而更为完备成熟。
灵宝派的开创人是三国时琅琊人葛玄,时葛玄在天台山修行学道,感通太上,太上遣三真人下降传授葛玄《灵宝经》法等三十三卷,葛玄又传郑隐及其兄葛孝爱,葛孝爱又传子葛悌,葛悌又传葛洪,葛洪又向郑隐求道,再传从孙葛巣甫,至晋安帝隆安末又传道士任延庆、徐灵期等,直至南朝刘宋时陆修静总括三洞,立成仪轨,更使灵宝派大行于世。灵宝派传播的主要经典是《灵宝五符经》、《灵宝度人经》,主要内容是阐扬“仙道贵生,无量度人”,尊崇元始天尊为最高之神,又敷衍十方有度人不死之神,还有三界、五帝、三十二天帝、地府酆都等鬼神信仰,这些神仙时刻监察人间善恶,观察人的行为。人行善,将得到福报,人行恶,将受到惩罚,人学道修真齐心修斋,诵经礼忏,六时行香,修持不断,可登仙界。灵宝派开创人是葛玄,发扬光大的却是葛洪及从孙葛巣甫等。葛洪,字稚川,自号抱朴子,江苏句容人,东晋著名道士,道教炼丹家和医学家,祖父葛玄,父葛悌,吴国入晋后为邵陵太守,葛洪自幼好学,博览群书,淡泊名利,寻师访道,不远千里,尤好神仙道养之法,曾拜师郑隐,学炼丹秘术,后又拜师南海太守鲍玄,娶鲍玄之女为妻,继承鲍玄道学、医学和法术,曾任吴兴太守,将军都尉等职,后又选为散骑常侍他都固辞不受,而好参玄访道,曾至广东罗浮等地炼丹,后又勤于著述,其代表作《抱朴子》内外篇计116篇,另有碑、诔、诗、赋100篇,移檄章表30卷,神仙、良吏、隐逸、集异等10卷,有抄《五经》、《史》、《汉》、百家之言、方技杂事310卷,以及医家要书《金匮药方》100卷,《肘后备急方》4卷,葛洪晚学风角、三元、遁甲、六任、太一等法,并继承了东汉方士左慈、葛玄和师父郑隐的炼丹理论,并改造了早期道教的神仙理论,其中《抱朴子内篇》不但精述了研制金丹的实践,而且还认识了某些物质的特性及其化学变化,为中国炼丹史和古化学史提供了珍贵史料,对隋唐炼丹术等丹道发展有重大而深远影响。
【混元派】
一、混元教派的由来
在北宋，江南道教本以正一教为主干，在元朝时又与全真教合宗。在武当山则多种派系共存，这是湖北武当道教的特性。武当道教主神是“玄帝”，又称“混元六天传法教主”、三元都总管、九天游奕使、元天上帝、荡魔天尊等等。北宋时期道教神霄雷法兴起，神霄雷法天心派传于湖北，其教主“玄帝”是湖北地区信教众弟子及信徒所崇奉的主神。进入南宋时，湖北地区独创的混元派系其所传正法恰是：《混元六天如意**》。武当山还保留了混元派谱如下：
一永通玄宗道高本常清德祥恭敬泰义久复圆明